Trước đây nhà thờ có tháp chuông nhọn cao 30 m, nhưng do ở gần sân bay nên phải “hớt” phần chóp, chỉ còn lại phần mái bằng cao 19,5 m. Trên cửa chính nhà thờ có tượng thánh Danis, là tên thánh của ông Lê Phát An - người bỏ tiền ra xây dựng nhà thờ này, nên thánh Danis cũng là thánh bảo hộ nhà thờ Hạnh Thông Tây.
Ông Lê Phát An là con trưởng của đại phú hộ Lê Phát Đạt (Huyện Sỹ) nổi tiếng Sài Gòn xưa, từng du học bên Pháp.
Bên trong nhà thờ có mộ của vợ chồng ông Lê Phát An (cậu Nam Phương Hoàng hậu) nằm đối xứng hai bên hông nhà thờ, gần cung thánh. Trước mộ vợ có tượng người chồng quỳ cầu nguyện, ngược lại trước mộ chồng là tượng người vợ, tay cầm hoa ôm choàng lấy bia mộ chồng.