Bên cạnh hệ thống chùa chiền, hang động và núi đá độc đáo, di tích cấp quốc gia đặc biệt Ngũ Hành Sơn còn sở hữu quần thể 4 loài với 7 cây đại thụ quý được vinh danh là cây di sản Việt Nam.
Cây đa sộp (đa lá đỏ) có tuổi đời khoảng 600 năm, nằm ở sườn đông ngọn Thủy Sơn (sau lưng chùa Linh Ứng).
Quần thể 7 cây di sản tại di tích cấp quốc gia đặc biệt Ngũ Hành Sơn có những cây đại thụ với tuổi đời từ 206 đến 611 năm tuổi, mang nhiều ý nghĩa về lịch sử, văn hóa, gồm có: Cây đa sộp (đa lá đỏ) ở sườn đông ngọn Thủy Sơn (sau lưng chùa Linh Ứng), 2 cây bàng âm dương trước cổng chùa Tam Thai trên ngọn Thủy Sơn, cây thị sau lưng chùa Tam Thai và cụm 3 cây bồ kết ở động Tàng Chơn thuộc khu vực phía nam ngọn Thủy Sơn.