Trong cuốn Địa chí Hà Bắc xuất bản năm 1982 và cuốn sách Nghệ thuật Việt Nam (L’art vietnamien) của nhà nghiên cứu người Pháp L. Bezacier, xuất bản năm 1944 có nói về lịch sử hình thành ngôi chùa Bút Tháp. Theo các cuốn sách trên, chùa Bút Tháp có từ thời Trần, tức khoảng thế kỷ XIII. Cả hai cuốn sách đều đề cập việc Trạng nguyên Lý Đạo Tái (1254-1334) sau khi từ quan đã có thời gian về chùa Bút Tháp tu hành, lấy pháp danh là Huyền Quang.
Đến thế kỷ XVII, hoàng tộc triều Lê đóng góp tiền của tu sửa lại chùa Bút Tháp với quy mô rất lớn. Ở các giai đoạn sau, chùa tiếp tục được tu sửa nhỏ nhiều lần, nhưng về cơ bản, kiến trúc hiện nay chủ yếu của thế kỷ thứ XVII, gồm các hạng mục: tam quan, gác chuông, tiền đường, thiêu hương, tòa Thượng điện, tòa Tích thiện am, nhà trung, phủ thờ, hậu đường và hai dãy hành lang ở hai bên.
Chùa Bút Tháp còn có tên là Ninh Phúc Tự, nằm ở phía Tây thôn Bút Tháp xã Đình Tổ, huyện Thuận Thành (Bắc Ninh), cách trung tâm Hà Nội khoảng 25km về hướng Đông.
