Ý tưởng xây Tòa thánh manh nha khi đạo Cao Đài thành lập năm 1926 tại ngôi chùa Gò Kén ở huyện Hòa Thành (nay là thị xã), với mục đích làm tổ đình để bà con giáo dân tụ họp hành lễ. Nhóm nhân sĩ đầu tiên của đạo tới khu rừng ở làng Long Thành, thuộc Hòa Thành (cách TP Tây Ninh 5 km) mua mảnh đất rộng 50 ha của thương nhân người Pháp đặt nền móng cho công trình.
Phối sư Ngọc Hồng Thanh, người quản lý Tòa thánh từ năm 1963 đến nay, cho biết vùng đất xây tổ đình có phong thủy tốt, nằm trên 6 mạch nước ngầm hội tụ, gọi là "lục long phò ấn". Hộ pháp Phạm Công Tắc (một trong những người sáng lập đạo Cao Đài) chọn lựa nơi này xây Tòa thánh để "bảo vệ long mạch, trấn yểm giúp người dân, đất nước yên bình".