Huê Nghiêm cổ tự được thành lập từ năm 1721 do Tổ Thiệt Thuỵ - Tánh Tường (1681-1757) xây dựng. Tên gọi chùa lấy từ tên bộ kinh Hoa Nghiêm. Huê Nghiêm Cổ Tự ban đầu chỉ là một ngôi chùa nhỏ xây cất trên vùng đất thấp, cách địa thế chùa hiện nay khoảng 100m. Sau đó, Phật tử Nguyễn Thị Hiên - pháp danh Liễu Đạo đã hiến đất để xây lại ngôi chùa rộng rãi khang trang ở vị trí như hiện nay.
Trải qua gần 400 năm lịch sử, Huê Nghiêm cổ tự là một di tích Phật giáo quan trọng, là nơi dừng chân, sống và hành đạo của nhiều vị danh tăng uyên thâm Phật pháp, có đạo hạnh như: Thiền sư Tế Giác - Quảng Châu tức Tiên Giác - Hải Tịnh, Thiền sư Đạt Lý - Huệ Lưu, Hòa thượng Thích Từ Văn, Hòa thượng Thích Trí Đức, Hòa thượng Thích Trí Quảng…