Lịch sử Nghệ An thời Nguyễn (1802 – 1945) vẫn chủ yếu là hành trình đấu tranh giành độc lập dân tộc của các nhà yêu nước qua các thế hệ. Trên con đường đó, người Nghệ An đã xác quyết những giá trị mới, tính chất mới và kiến tạo được nhiều thành tựu mới để phù hợp với thời đại, với nhu cầu và khát vọng tự do, độc lập của dân tộc.
Ngày 1 tháng 6 năm Nhâm Tuất (1802) Nguyễn Ánh lên ngôi Hoàng đế, niên hiệu Gia Long, chọn Phú Xuân làm Kinh đô (TP Huế ngày nay). Lúc này, Nghệ An vẫn gọi là trấn, gồm " 9 phủ, là Đức Quang, Diễn Châu, Hà Hoa, Anh Đô, Trà Lân, Quỳ Châu, Trấn Ninh, Lâm An, Ngọc Ma; …" (Đại Việt địa dư toàn biên).
Đến đời Minh Mạng, năm 1831, cả nước chia thành 30 tỉnh; tách hai phủ Hà Hoa và Đức Thọ của trấn Nghệ An thành tỉnh Hà Tĩnh. Năm 1853, Tự Đức bỏ tỉnh Hà Tĩnh, phủ Đức Thọ nhập vào tỉnh Nghệ An và lấy phủ Hà Thanh (gồm Thạch Hà, Cẩm Xuyên, Kỳ Anh) làm đạo Hà Tĩnh do quản đạo đứng đầu lệ thuộc tỉnh Nghệ An. Năm 1864, Tự Đức lại cho đạo Hà Tĩnh tách dưới quyền Tổng đốc An Tĩnh. Năm 1875, Tự Đức bỏ đạo Hà Tĩnh, lập lại tỉnh Hà Tĩnh.
Sau khi đàn áp được khởi nghĩa Vũ Quang (1896), Nghệ An còn 5 phủ và 6 huyện. Năm 1899, người Pháp lập đại lý hành chính ở Cửa Rào, cũng năm này thành lập thị xã Vinh. Năm 1914 thành lập thị xã Bến Thủy, năm 1917 thành lập thêm thị xã Trường Thi. Năm 1927, gộp 3 thị xã thành thành phố Vinh - Bến Thủy.